王美洁

VESTA 原子配色更换

1. 背景

VESTA 是一款非常优秀的晶体结构可视化软件,其他软件比如 ASE、Jmol 和 Materials Studio 等其他可视化软件都使用CPK配色方案,但是 VESTA 使用了自己的配色方案,有时候我们需要使用 CPK 配色方案,保证整篇文章的原子配色一致,这里介绍如何修改 VESTA 的配色。

2. 修改配色

在 MacOS 中 VESTA 默认的配色文件是 /Applications/VESTA.app/Contents/Resources/element.ini,windows 在 VESTA 的文件夹中,我们可以直接修改这个文件来更改 VESTA 的配色。需要注意的是修改这个文件需要把 VESTA 关闭,否则修改不会生效。

(base) migie:Resources/ $ head elements.ini                          [18:12:39]
  1  H  0.46  1.20  0.200    1.00000    0.80000    0.80000
  1  D  0.46  1.20  0.200    0.80000    0.80000    1.00000
  2 He  1.22  1.40  1.220    0.98907    0.91312    0.81091
  3 Li  1.57  1.40  0.590    0.52731    0.87953    0.45670
  4 Be  1.12  1.40  0.270    0.37147    0.84590    0.48292
  5  B  0.81  1.40  0.110    0.12490    0.63612    0.05948
  6  C  0.77  1.70  0.150    0.50430    0.28659    0.16236
  7  N  0.74  1.55  1.460    0.69139    0.72934    0.90280
  8  O  0.74  1.52  1.400    0.99997    0.01328    0.00000
  9  F  0.72  1.47  1.330    0.69139    0.72934    0.90280

这里定义了原子的半径和颜色,其中倒数三列是不同元素的颜色,使用0~1的RGB来定义,我们可以修改这个文件来个性化修改 VESTA 的配色。 这里是一个 CPK 配色方案的配色文件,可以直接替换原文件。

  1  H  0.46  1.20  0.200    1.00000    1.00000    1.00000
  1  D  0.46  1.20  0.200    1.00000    1.00000    1.00000
  2 He  1.22  1.40  1.220    0.85098    1.00000    1.00000
  3 Li  1.57  1.40  0.590    0.80000    0.50196    1.00000
  4 Be  1.12  1.40  0.270    0.76078    1.00000    0.00000
  5  B  0.81  1.40  0.110    1.00000    0.70980    0.70980
  6  C  0.77  1.70  0.150    0.56471    0.56471    0.56471
  7  N  0.74  1.55  1.460    0.18824    0.31373    0.97255
  8  O  0.74  1.52  1.400    1.00000    0.05098    0.05098
  9  F  0.72  1.47  1.330    0.56471    0.87843    0.31373
 10 Ne  1.60  1.54  1.600    0.70196    0.89020    0.96078
 11 Na  1.91  1.54  1.020    0.67059    0.36078    0.94902
 12 Mg  1.60  1.54  0.720    0.54118    1.00000    0.00000
 13 Al  1.43  1.54  0.390    0.74902    0.65098    0.65098
 14 Si  1.18  2.10  0.260    0.94118    0.78431    0.62745
 15  P  1.10  1.80  0.170    1.00000    0.50196    0.00000
 16  S  1.04  1.80  1.840    1.00000    1.00000    0.18824
 17 Cl  0.99  1.75  1.810    0.12157    0.94118    0.12157
 18 Ar  1.92  1.88  1.920    0.50196    0.81961    0.89020
 19  K  2.35  1.88  1.510    0.56078    0.25098    0.83137
 20 Ca  1.97  1.88  1.120    0.23922    1.00000    0.00000
 21 Sc  1.64  1.88  0.745    0.90196    0.90196    0.90196
 22 Ti  1.47  1.88  0.605    0.74902    0.76078    0.78039
 23  V  1.35  1.88  0.580    0.65098    0.65098    0.67059
 24 Cr  1.29  1.88  0.615    0.54118    0.60000    0.78039
 25 Mn  1.37  1.88  0.830    0.61176    0.47843    0.78039
 26 Fe  1.26  1.88  0.780    0.87843    0.40000    0.20000
 27 Co  1.25  1.88  0.745    0.94118    0.56471    0.62745
 28 Ni  1.25  1.88  0.690    0.31373    0.81569    0.31373
 29 Cu  1.28  1.88  0.730    0.78431    0.50196    0.20000
 30 Zn  1.37  1.88  0.740    0.49020    0.50196    0.69020
 31 Ga  1.53  1.88  0.620    0.76078    0.56078    0.56078
 32 Ge  1.22  1.88  0.530    0.40000    0.56078    0.56078
 33 As  1.21  1.85  0.335    0.74118    0.50196    0.89020
 34 Se  1.04  1.90  1.980    1.00000    0.63137    0.00000
 35 Br  1.14  1.85  1.960    0.65098    0.16078    0.16078
 36 Kr  1.98  2.02  1.980    0.36078    0.72157    0.81961
 37 Rb  2.50  2.02  1.610    0.43922    0.18039    0.69020
 38 Sr  2.15  2.02  1.260    0.00000    1.00000    0.00000
 39  Y  1.82  2.02  1.019    0.58039    1.00000    1.00000
 40 Zr  1.60  2.02  0.720    0.58039    0.87843    0.87843
 41 Nb  1.47  2.02  0.640    0.45098    0.76078    0.78824
 42 Mo  1.40  2.02  0.590    0.32941    0.70980    0.70980
 43 Tc  1.35  2.02  0.560    0.23137    0.61961    0.61961
 44 Ru  1.34  2.02  0.620    0.14118    0.56078    0.56078
 45 Rh  1.34  2.02  0.665    0.03922    0.49020    0.54902
 46 Pd  1.37  2.02  0.860    0.00000    0.41176    0.52157
 47 Ag  1.44  2.02  1.150    0.75294    0.75294    0.75294
 48 Cd  1.52  2.02  0.950    1.00000    0.85098    0.56078
 49 In  1.67  2.02  0.800    0.65098    0.45882    0.45098
 50 Sn  1.58  2.02  0.690    0.40000    0.50196    0.50196
 51 Sb  1.41  2.00  0.760    0.61961    0.38824    0.70980
 52 Te  1.37  2.06  2.210    0.83137    0.48235    0.00000
 53  I  1.33  1.98  2.200    0.58039    0.00000    0.58039
 54 Xe  2.18  2.16  0.480    0.25882    0.61961    0.70980
 55 Cs  2.72  2.16  1.740    0.33725    0.00000    0.41176
 56 Ba  2.24  2.16  1.420    0.00000    0.78824    0.00000
 57 La  1.88  2.16  1.160    0.43922    0.83137    0.83137
 58 Ce  1.82  2.16  0.970    1.00000    1.00000    0.78824
 59 Pr  1.82  2.16  1.126    0.85098    1.00000    0.78824
 60 Nd  1.82  2.16  1.109    0.78824    1.00000    0.78824
 61 Pm  1.81  2.16  1.093    0.63137    1.00000    0.78824
 62 Sm  1.81  2.16  1.270    0.50196    1.00000    0.78824
 63 Eu  2.06  2.16  1.066    0.38824    1.00000    0.78824
 64 Gd  1.79  2.16  1.053    0.27843    1.00000    0.78824
 65 Tb  1.77  2.16  1.040    0.18824    1.00000    0.78824
 66 Dy  1.77  2.16  1.027    0.12157    1.00000    0.78824
 67 Ho  1.76  2.16  1.015    0.00000    1.00000    0.63137
 68 Er  1.75  2.16  1.004    0.00000    0.89020    0.50196
 69 Tm  1.00  2.16  0.994    0.00000    0.83137    0.38824
 70 Yb  1.94  2.16  0.985    0.00000    0.78824    0.27843
 71 Lu  1.72  2.16  0.977    0.00000    0.73725    0.20392
 72 Hf  1.59  2.16  0.710    0.30196    0.76078    1.00000
 73 Ta  1.47  2.16  0.640    0.30196    0.65098    1.00000
 74  W  1.41  2.16  0.600    0.12941    0.54118    0.87843
 75 Re  1.37  2.16  0.530    0.15294    0.47843    0.76078
 76 Os  1.35  2.16  0.630    0.14902    0.41176    0.63137
 77 Ir  1.36  2.16  0.625    0.09020    0.36078    0.54902
 78 Pt  1.39  2.16  0.625    0.82353    0.82353    0.90196
 79 Au  1.44  2.16  1.370    1.00000    0.82353    0.13725
 80 Hg  1.55  2.16  1.020    0.72157    0.72157    0.81961
 81 Tl  1.71  2.16  0.885    0.65098    0.33333    0.31373
 82 Pb  1.75  2.16  1.190    0.34118    0.34118    0.36078
 83 Bi  1.82  2.16  1.030    0.62353    0.31373    0.74902
 84 Po  1.77  2.16  0.940    0.66667    0.36078    0.00000
 85 At  0.62  2.16  0.620    0.45882    0.31373    0.27843
 86 Rn  0.80  2.16  0.800    0.25882    0.52157    0.61961
 87 Fr  1.00  2.16  1.800    0.25882    0.00000    0.41176
 88 Ra  2.35  2.16  1.480    0.00000    0.49020    0.00000
 89 Ac  2.03  2.16  1.120    0.43922    0.67843    0.90196
 90 Th  1.80  2.16  1.050    0.00000    0.72549    1.00000
 91 Pa  1.63  2.16  0.780    0.00000    0.62745    1.00000
 92  U  1.56  2.16  0.730    0.00000    0.56078    1.00000
 93 Np  1.56  2.16  0.750    0.00000    0.50196    1.00000
 94 Pu  1.64  2.16  0.860    0.00000    0.43922    1.00000
 95 Am  1.73  2.16  0.975    0.32941    0.36863    0.94118
 96 Cm  1.85  2.16  1.050    0.47059    0.36863    0.87843
 97 Bk  1.93  2.16  1.120    0.54118    0.36863    0.81569
 98 Cf  2.01  2.16  1.190    0.61176    0.36863    0.75294
 99 Es  2.09  2.16  1.260    0.68235    0.36863    0.69020
100 Fm  2.17  2.16  1.330    0.75294    0.36863    0.62745
101 Md  2.25  2.16  1.400    0.82353    0.36863    0.56078
102 No  2.33  2.16  1.470    0.89412    0.36863    0.49020
103 Lr  2.41  2.16  1.540    0.96471    0.36863    0.41176
104 Rf  2.49  2.16  1.610    1.00000    0.36863    0.33333
105 Db  2.57  2.16  1.680    1.00000    0.36863    0.25490
106 Sg  2.65  2.16  1.750    1.00000    0.36863    0.17647
107 Bh  2.73  2.16  1.820    1.00000    0.36863    0.09804
108 Hs  2.81  2.16  1.890    1.00000    0.36863    0.01961
109 Mt  2.89  2.16  1.960    1.00000    0.36863    0.00000
110 XX  0.80  1.00  0.800    0.30000    0.30000    0.30000